進出口貨物報檢流程大致可分為三步：

1.報檢申請（報檢人提供外貿合同、發票、提單、裝箱單、信用證等單證；實施安全質量許可、衛生檢疫注冊的應提交有關證明文件復印件，并在報檢單上注名文件號）；

2.報檢（將申請的相關信息錄入CIQ2000系統，并將相關單證遞交檢驗檢疫局檢務部門受理）；

3.施檢部門施檢（施檢部門接受單據、確認、檢驗、結果登記、擬制證稿、審核簽字）；簽發證書（檢務部門對施檢部門擬稿審核，并簽發證書）。

入境貨物的檢驗檢疫工作程序可以分為：申請報檢、受理報檢、辦理通關、實施檢驗檢疫、放行

1）法定檢驗檢疫入境貨物的貨主或其代理人首先向卸貨口岸或到達站的出入境檢驗檢疫機構申請報檢。

2）檢驗檢疫機構受理報檢，轉施檢部門簽署意見，計收費。

3）對來自疫區的、可能傳播傳染病、動植物疫情的入境貨物交通工具或運輸包裝實施必要的檢疫、消毒、衛生除害處理后，簽發《入境貨物通關單》（入境廢物、活動物等除外）供報檢人辦理海關的通關手續；

4）貨物通關后，入境貨物的貨主或其代理人需在檢驗檢疫機構規定的時間和地點到指定的檢驗檢疫機構聯系對貨物實施檢驗檢疫。

5）經檢驗檢疫合格的入境貨物簽發《入境貨物檢驗檢疫證明》放行，經檢驗檢疫不合格的貨物簽發檢驗檢疫處理通知書，需要索賠的簽發檢驗檢疫證書。

出口報檢流程：接單、審單、預錄、申報、驗貨、放行、下帳

1）接單

報檢操作人員接到客戶或內部轉來的單據后，在專門的登記薄上登記，有特殊要求的應注明，并詢問出口的大致日期，出口運輸方式是否需要出具檢疫部門的證書等。

2）審單

首先要核對出口報檢單據是否齊全。單據有：發票、裝箱單、合同、報檢委托書(青島企業必須提供正本報檢委托書)；

有特殊要求的其他單據：使用信用證結匯的須提供信用證復印件、貨物外包裝（紙箱、塑編袋、網袋、桶包裝的涉及食品安全衛生標示的），必須提供《出境貨物運輸包裝性能檢驗結果單》正本；

出口換證商品必須提供《出境貨物換證憑單》正本；出口安全質量許可、食品衛生監督等管理范圍之內的商品，必須提供生產廠家的兩證管理編號以及廠檢合格單等；

出口熏蒸貨物必須提供場站入貨通知書，并且確認貨物存放于場站熏蒸區。

3）預錄

（1）出口單據審核完畢后，使用九城單證系統對單據進行預錄入。預錄入過程中，可以根據系統提示制單，并且可以根據系統對商品編碼的要求最終確認所需單據是否齊全。

（2）在制單過程中出現計量單位與海關的計量單位沖突時，第一計量單位按商檢規定的計量單位輸入，第二計量單位按海關的規定輸入。

（3）在制單預錄入的過程中如果出現問題應及時與客戶或操作人員聯系。

（4）一般在預錄入后待系統自動生成預錄入報檢編號后，打印報檢出境貨物報檢單，交給報檢員。

4）申報

（1）報檢員在接到全套申報單據發票、裝箱單、合同、報檢委托書(青島企業必須提供正本報檢委托書)、有特殊要求的其他單據后，在報驗申請單上填寫隨附單據并注明，報檢員簽名。

（2）到報檢前臺申報，隨時解答商檢官員對商品的提問，報檢員必須對所申報商品及客戶情況有所了解。

（3）申報完成，報檢員根據申報貨物的不同，將申報單據轉往各個科室，并且根據各個科室的不同要求對單據進行登記。

5）驗貨

（1）申報完畢的單據，報檢員要及時聯系客戶驗貨，到檢疫局科室預約驗貨時間并告知客戶。

（2）驗貨完畢后將單據轉回各科室。

6）放行

（1）出口驗貨后到科室將驗貨單據找出，根據科室要求不同填寫驗貨單據交科室主管人員簽字，并在電腦中過機放行。

（2）到計費處計費，然后到商檢財務繳納檢疫費。

（3）打印《出口貨物通關單》，如果需要出具檢疫部門證書的，還需在單據中注明，以便日后出具檢疫證書。

（4）放行后將通關單交給報檢操作人員或報關人員簽收。

7）下帳

（1）報檢員將出口通關單及商檢發票交給操作人員，操作人員將其復印登記留底，并注明公司編號。

（2）將正本通關單交給報關員報關使用。